内蒙古自治区红十字会是参照公务员法管理的正厅级群团组织。现有编制61个，其中：机关编制28个，事业编制33个。会领导班子现有5人，其中：党组书记、常务副会长1人，党组成员3人（副会长2人、专职副监事长1人），挂职副会长1人；机关内设办公室、秘书处、赈济救护部、组织宣传与筹资部、三献工作部等5个机构，另设机关党委。下辖备灾救灾中心、应急救护训练中心及人体器官和造血干细胞捐献服务中心，均为正处级公益一类事业单位。

        内蒙古红十字运动起源于1919年东北直奉战争，1956年内蒙古自治区红十字会正式成立，1961年由于历史原因停止活动。1987年5月，自治区红十字会恢复重建，伴随着自治区各族人民团结奋斗、建设祖国北疆的伟大历程，经历了复会创业、巩固壮大、开拓创新的发展阶段，走过了一条执着追求、砥砺前行的创业创新之路。1990年6月，内蒙古自治区红十字会第一次会员代表大会在呼和浩特市召开。中国红十字会在全国红十字工作者中号召学习“云曙碧精神”，内蒙古红十字人白手起家、艰苦奋斗，1995年理顺本级管理体制，成为正厅级单位，1995年11 月，《内蒙古自治区实施〈中华人民共和国红十字会法〉办法》颁布实施，有力推动了内蒙古红十字事业的快速发展。2000年底解决了12个盟市和72个旗县红十字会“三列”（机构列位、人员列编、经费列支）问题，奠定了复会创业的基础。2004年11月，内蒙古自治区红十字会第二次会员代表大会召开，选举产生了新一届理事会和常务理事会，制订了《内蒙古自治区红十字事业2004～2009年发展规划》。2006年在全国率先理顺全部（101个）旗县（市、区）红十字会管理体制，建立“博爱一日捐”长效筹资机制，2009年启动红十字会基层组织“五进六有”标准化建设，扎实提升自我发展能力。2012年拓展事业发展空间，启动实施了“博爱家园”“光明行”“红十字老牛桥”等一批人道救助项目；2012年8月11～12日，内蒙古自治区红十字会第三次会员代表大会在呼和浩特市召开。2016年制定出台了“十三五”红十字事业发展规划，启动了五大体系和“五个500、两个100”重点项目、基地建设。2017年举办了复会30周年纪念大会和系列活动。2018年召开了全区第四次会员代表大会，选举产生了内蒙古自治区红十字会第四届理事会和第一届监事会，依法设立了全国首个省级红十字会监事会。2019年印发了《内蒙古自治区红十字会改革方案》，举行了内蒙古红十字运动１００周年纪念大会，全面回顾了内蒙古红十字运动百年历程。2020年3月《内蒙古自治区红十字会条例》正式颁布实施，进一步推动了各级红十字会依法建会、依法治会、依法兴会和新时代内蒙古红十字事业高质量发展的新征程。